A CN recomenda que eles sejam responsabilizados criminal ou civilmente, de acordo com as provas obtidas sobre cada um. Sobre civis que participaram do regime, também são citados, mas a Comissão não recomenda a punição, com exceção de agentes da Polícia Civil. O documento pede ainda que a Lei da Anistia não seja mais aplicada.
"Nomeamos todos os presidentes militares pois eles sabiam da tortura", disse Rosa Cardoso da Cunha, da CNV, em entrevista ao jornal Valor Econômico. "Implantaram a ditadura com a tortura como técnica da estratégia do que diziam ser o combate contrarrevolucionário", acrescentou.
Os militares são citados em três categorias: autores políticos institucionais (quando não houve relação direta com o crime, mas consciência do ocorrido); responsáveis pela gestão de órgãos, como os comandantes de quartéis; e autores diretos de crimes contra a humanidade. Nessa categoria, são citados quase 200 agentes do Estado.